协议出资成立有限公司，且公司已经营但未注册。

1. 协议出资成立有限公司，且公司已经营但未注册。

1、没有得到验资和工商登记，公司没有成立，主张协议是办理公司前置程序的文件是可以的。但是，出资协议相当于各出资人之间的合同，是一种真实意思表示，因此，出资经营的权利义务是存在的。
2、出资与否已经是协议履行的内容，不能以协议履行与否反过来证明协议本身所约定的权利义务的有无。
3、未履行协议并不能证明协议未成立，因此，主张出资为个人借款是有问题的。工资证明与出资协议是否有效存在没有关系。

如果想证明出资协议或未成立的话，从协议未履行的角度进行证明是不足取的，不能说：因为我没有履行当初的约定，所以这个约定就是未成立的，因为这样反而证明了出资人可能存在违约情形。应当从协议最初签订时的条件等相关角度，如：签订协议的主体是符合法律规定、协议的签订是否是双方当事人的真实意思表示（是否存在误解、意思表示不清等情况）、协议有无欺诈或胁迫（合同法52条）等违法的情况存在等，来证明协议从未存在过或是无效的。

2. 我们的合作方A公司是B公司的子公司,独立法人。B公司因经营不善欠下债务,是否？

B公司经营不善，就是破产，与A公司无关系，都是独立承担民事责任

公司法
第三条 【公司界定及股东责任】公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
第十四条 【分公司与子公司】公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。

3. 甲和乙共同开的公司，未签订合同证实乙拥有股份下，债务乙是否需要偿还

如果是公司，您只在出资范围内承担有限的责任。
法律依据 中华人民共和国公司法
第三条 公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。 
　　有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。

4. 法律问题，求助。甲乙共同出资，设立公司法人。。。。。。。。。。

针对上诉问题对应作答：
1、该项出资属共有资产。设立中的公司并不具有独立法律人格，设立人之间属于合伙关系。故在此阶段的出资属于合伙资产由当事人按份共有。
2、分两种情况：其一、若公司成立，由成立后的公司享有、承担；其二、若公司未能成立，由发起人对外连带负责，在发起人之间则按份承担。
3、该借贷合同有效。
4、银行债务人是公司。法人代表超越权限，以公司名义贷款，在法律上属于表见代理，即为有效代理。公司应当对银行承担法律责任，但可以找法人代表追偿

5. 有合伙协议,但注册是个人独资企业如何认定，？发生债务，签订合伙协议的其他人承担责任吗？

对外无责，但在内部，其他人需要承担责任。1、企业性质以注册登记为准，仍为个人独资企业；
2、个人独资企业注册在案的这个人，单独对外承担责任；
3、合伙协议对外是无效的，但对内是有效的，注册在案的个人对外承担责任后，可以根据合伙协议的约定，向其他合伙人追偿。